Dalam surah Al-Fath ayat 20 dijelaskan bahwa Khaibar sebagai janji kaum Musimin. Sebagian kaum Yahudi yang menetap di sana menghimpun kekuatan. Setibanya di Hudaibiyah pada bulan Muharam, Rasulullah menuju Khaibar bersama 1400 pasukan, terdiri atas orang-orang yang senang berjihad. Urusan Madinah diserahkan kepada Siba’ bin Urfuthah Al Ghifari. Sebelumnya, Abu Hurairah masuk Islam dan turut bergabung.
Abdullah bin Ubay, tokoh orang munafik, membocorkan berita itu kepada kaum Yahudi sehingga mereka meminta bantuan pada orang-orang Ghatafan. Pasukan Muslimin melewati Gunung Asr, Ash Shahba’, dan bermalam di Raji’. Mendengar kedatangan pasukan Muslimin, orang-orang Ghatafan urung membantu Yahudi.
 Pasukan Muslimin sampai di dekat Khaibar pada malam hari dan menyerang pada pagi hari. Bendera dipegang Ali bin Abi Thalib dengan misi untuk menyeru kepada keimanan sebelum memerangi mereka.
Khaibar dikelilingi benteng kukuh. Rasullulah berperang di Benteng Zubair, ali bin Abi Thalib di Benteng Na’im, Al Hubab bin Al Mundzir di Benteng Sha’ad bin Mu’adz, Abu Dujanah di Benteng Ubay. Pasukan Yahudi berpindah ke Benteng Nizar lalu kaum muslimin pun menerobosnya. Kemudian, pasukan Yahudi menuju Benteng berikutnya, yaitu Al Qamush, Watih dan Salalim. Para pasukan muslimin mengepung hingga di Al Katibah. Akhirnya, pasukan Yahudi pun menyerah.
Setibanya dari Habasyah, Ja’far bin abi Thalib bergabung dengan Abu Musa Al Asy’ary. Rasulullah menikahi Shafiyah binti Huyai, seorang tawanan, istri Kinanah bin Abul Huqayq yang terbunuh.
Rasulullah mendapat jamuan kambing bakar dari Zainab binti Harits istri Sallam bin Misykam, yang dicampur racun, beliau mengunyahnya dan memuntahkan sebagiannya. Bisyr bin Barra bin Ma’rur, seorang sahabat, memakanya dan meninggal dunia. Pasukan Islam yang Syahid 16 orang dan korban pihak Yahudi 30 orang.
Setalah dari Khaibar, Rasulullah saw, mengutus pasukan ke Fadaq, Wadil Qur’a, dan Taima’, perkampungan Yahudi yang lain. Rasulullah saw, tinggal di Wadi’l Qur’a selama empat hari. Kaum Yahudi pun menyerah.
